Специальной настройки, чтобы установить организацию основной, в конфигурации нет. Для установки организации по умолчанию в документах можно использовать функционал отражения организации в рабочем месте «Расчеты и выплаты» (меню «Зарплата» – Расчеты и выплаты).
Также дополнительно такую настройку возможно сделать в журнале документов или справочнике, где есть поле «Организация», для этого нужно установить признак напротив нее и выбрать организацию.