Раздел «Покупка»/Поступления ТМЗ и услуг. В открывшемся окне кнопка Еще/Настроить список. В появившемся окне в закладке Отбор: Добавить новый элемент/выбрать Учитывать НДС. В поле Вид сравнения выбрать «Равно» и в поле значения выбрать «Нет».
Выйдет список документов, в которых не проставлена галочка «Учитывать НДС», соответственно в каждый из них нужно будет зайти и изменить данный реквизит.